Spis treści

 

Przedmowa do wydania drugiego / 9

 

1. Wstęp / 11

2. Przedmiot chemii i chemoinformatyki / 13

3. Komputer jako narzędzie pracy chemika – problemy wprowadzania danych / 21

3.1. Kodowanie cząsteczek w chemoinformatyce / 26

3.2. Grafy cząsteczek chemicznych / 26

3.3. Notacja liniowa / 28

3.3.1. Kody SMILES / 30

3.3.1.1. SMILES – język kodowania grafów molekularnych / 30

3.3.1.2. Gramatyka języka SMILES / 31

3.3.2. Inne systemy notacji liniowej / 41

3.4. Macierzowe systemy kodowania konstytucji cząsteczki / 42

3.5. Edytory molekularne / 50

3.6. Standardy wymiany informacji strukturalnej / 60

3.7. Nomenklatura chemiczna / 68

3.8. Związek chemiczny – in vitro oraz in silico / 72

3.9. Ontologia chemiczna – formalna definicja związku chemicznego / 73

3.10. Właściwości związków chemicznych i ich pomiary / 76

3.11. Chemiczne bazy danych / 78

3.11.1. Organizacja bazy danych / 78

3.11.2. Typy baz danych / 80

3.11.3. Strukturalne bazy danych ligandów / 83

3.11.4. Strukturalne bazy danych makromolekuł / 86

3.11.5. Bazy literaturowe / 90

 

4. Chemia in silico – problemy przetwarzania danych / 93

4.1. Deskryptory molekularne / 93

4.1.1. Kodujące deskryptory konstytucyjne / 95

4.1.2. Deskryptory daktyloskopowe cząsteczki / 95

4.1.3. Deskryptory obliczane na podstawie atomowej reprezentacji cząsteczki / 95

4.1.4. Deskryptory obliczane na podstawie fragmentów molekularnych / 96

4.1.5. Deskryptory topologiczne / 96

4.1.6. Proste deskryptory geometryczne / 97

4.1.7. Złożone deskryptory geometryczne / 97

4.1.7.1. Deskryptory pola oddziaływań cząsteczkowych / 97

4.1.7.2. Deskryptory profilu konformacyjnego / 98

4.1.7.3. Deskryptory wirtualnego miejsca receptorowego / 98

4.1.7.4. Deskryptory receptorowe / 100

4.1.8. Deskryptory złożonych systemów cząsteczkowych ligand – receptor / 100

4.1.9. Deskryptory skorelowane z właściwościami / 100

4.1.9.1. Korelaty właściwości globalnych / 100

4.1.9.2. Korelaty fragmentów molekularnych – stałe Hammetta / 101

4.1.9.3. Prognozowanie właściwości związków chemicznych / 104

4.2. Modelowanie struktur 3D / 107

4.2.1. Generatory struktur 2D / 110

4.2.2. Generatory struktur 3D / 110

4.2.2.1. Semiempiryczne metody chemii kwantowej / 116

4.2.2.2. Mechanika molekularna / 117

4.2.2.3. Dynamika molekularna / 125

4.2.2.4. Techniki generowania konformerów / 133

4.2.3. Pakiety do modelowania molekularnego / 134

4.3. Podobieństwo strukturalne cząsteczek / 139

4.4. Synteza i retrosynteza / 152

4.4.1. Synteza organiczna – odwzorowanie reagentów w produkty / 154

4.4.2. Projektowanie syntezy organicznej – odwzorowanie produktów w reagenty / 155

4.4.3. Retroreakcje – nomenklatura syntonów / 160

4.4.4. Operacje na syntonach / 160

4.4.4.1. Przekształcenie syntonu w reagent / 160

4.4.4.2. Modyfikacje syntonów / 162

4.4.4.3. Odwrócenie reaktywności / 163

4.4.5. Komputerowo wspomagane projektowanie syntezy (CASD) / 164

4.5. Eksploracja baz danych / 166

4.6. Chemometria – analizy złożonych danych chemicznych / 169

4.6.1. Wybrane metody analizy struktury danych / 170

4.6.2. Podstawowe pojęcia chemometrii / 171

4.6.3. Zmienne i ich korelacje / 171

4.6.4. Wstępna transformacja danych / 173

4.6.5. Eksploracja danych / 175

4.6.6. Jednoczynnikowa analiza wariancji / 175

4.6.7. Wieloczynnikowa analiza wariancji / 178

4.6.8. Algorytmy genetyczne / 180

4.6.9. Wybrane techniki projekcji i wizualizacji wielu zmiennych / 183

4.6.10. Analiza czynników głównych / 183

4.6.11. Sieci neuronowe / 185

4.6.12. Analiza regresji / 198

4.6.13. Metoda najmniejszych kwadratów / 201

4.6.14. Analiza regresji czynników głównych / 205

4.6.15. Metoda częściowych najmniejszych kwadratów / 205

4.6.16. Walidacja krzyżowa / 207

4.7. Komputerowe wspomaganie projektowania molekularnego / 212

4.8. Synteza ukierunkowana na właściwości / 214

4.8.1. Intuicja i szczęśliwy traf w poszukiwaniach i odkryciach nowych leków / 215

4.8.2. Schematy racjonalne w poszukiwaniu nowych leków – badanie zależności między budową a działaniem związków / 215

4.8.3. Badania przesiewowe metodami chemii kombinatorycznej / 223

4.8.4. Projektowanie molekularne in silico / 224

4.8.5. Projektowanie leków, kiedy dostępne są dane strukturalne receptora / 224

4.8.6. Dokowanie molekularne / 227

4.8.7. Projektowanie oparte na szeregu aktywnych ligandów / 233

4.8.8. Ilościowe modele zależności struktura – aktywność QSAR / 235

4.8.8.1. Modele 0D QSAR / 236

4.8.8.2. Modele 1D QSAR / 237

4.8.8.3. Modele 2D QSAR / 237

4.8.8.4. Modele 3D QSAR / 239

4.8.8.5. Modele 4D QSAR / 243

4.8.8.6. Modele 5D QSAR / 244

4.8.8.7. Modele 6D QSAR / 245

4.8.8.8. Modele RI-QSAR z wirtualnym receptorem modelowanym danymi innymi niż szereg jego aktywnych ligandów / 245

4.8.8.9. Modele RD QSAR z rzeczywistymi danymi receptorowymi / 246

4.8.9. Lekotypy / 247

 

5. Internetowe zasoby i nowe technologie chemoinformatyczne on-line / 249

 

Literatura dodatkowa / 255

Dodatek / 257

• Title: Podstawy chemoinformatyki leków. Wydanie drugie rozszerzone
• Author: Andrzej Bąk, Jarosław Polański
• ISBN: 978-83-8012-897-2, 9788380128972
• Date of issue: 2018-05-16
• Format: Ebook
• Item ID: e_0v6b
• Publisher: Wydawnictwo Uniwersytetu Śląskiego