Shōgun był najwyższym stanowiskiem, jakie śmiertelnik mógł osiągnąć w Japonii. Shōgun oznaczał tytuł najwyższego wojskowego dyktatora. Mógł go posiadać w określonym czasie tylko jeden daimyō. I tylko Jego Cesarska Wysokość, władający cesarz, Boski Syn Niebios, który żył w odosobnieniu z Cesarską Rodziną w Kioto, mógł go przyznać.
W parze z mianowaniem na shōguna szła absolutna władza - cesarska pieczęć i mandat. Shōgun rządził w imieniu cesarza. Cała władza pochodziła od cesarza, gdyż jego ród wywodził się bezpośrednio od bogów. Dlatego każdy daimyō, który przeciwstawiał się shōgunowi, chcąc nie chcąc buntował się przeciwko tronowi cesarskiemu, od razu stawał się wyrzutkiem, a jego dobra ulegały konfiskacie.

Panujący cesarz był czczony jako bóstwo, ponieważ pochodził w prostej linii od bogini słońca Amaterasu Omikami, córki bóstw Izanagi i Izanami, które ze sklepienia niebieskiego stworzyły wyspy Japonii. Z mocy boskiego prawa do władającego cesarza należała cała ta ziemia, a władał on i miał posłuch absolutny. W praktyce jednak od ponad sześciu wieków prawdziwa władza spoczywała poza cesarskim tronem. W rękach shōguna.